La Administración General de Aduanas es el área del SAT con mayor número de denuncias en contra de sus funcionarios.
En 2016, el SAT reportó a 518 servidores públicos ante el Órgano Interno de Control, de los cuales 253 eran de la Aduana.
Las causas de las denuncias penales son variadas: cohecho, uso de documentos falsos, ejercicio indebido del servicio público, falsificación de documentos y peculado, así como abuso de autoridad y operaciones con recursos de procedencia ilícita.
